Pada tahun 1945, Pemerintah Provinsi DIY memberikan biaya operasional, namun karena situasi yang belum kondusif masih terjadi peperangan, KOSJ kembali terancam. Atas perintah dr. KRT Martohusodo selaku Inspektur Kesehatan Dinas Kesehatan Rakyat (DKR) Yogyakarta kemudian disiapkan tempat perawatan darurat berupa tempat pengungsian.
Hingga pada Juli 1949 KOSJ Lali Jiwo kembali menempati rumah perawatan di jalan Kaliurang (sekarang RS Grhasia). Kemudian di bulan September 1949, KOSJ Lali Jiwo mulai menerima biaya operasional dari Pemerintah Provinsi DIY. Sejak saat itu KOSJ mulai merintis kembali usahanya dengan merawat pasien gangguan jiwa dan pasien umum yang berobat jalan yang dipimpin oleh R.W. Soedjani.
Mei 1966, R.W. Soedjani pensiun dan KOSJ Lali Jiwo diserahkan kepada Muh. Judi sampai tahun 1968. Kemudian dipimpin berturut-turut oleh Bakat (1968-1970), Somad (1970-1974), Guritno (1974-1981).
KOSJ Lali Jiwo tidak hanya sebagai rumah perawatan saja tetapi sebagai tempat pengobatan di bawah FK UGM, sehingga KOSJ Lali Jiwo menjadi lebih dikenal dengan sebutan Rumah Sakit Jiwa (RSJ). Adapun secara medis teknis RSJ Lali Jiwo bertanggung jawab kepada Dinas Kesehatan Provinsi DIY.